MEGA 7進(jìn)化樹軟件常用于生物基因分析，可以在軟件分析分子結(jié)構(gòu)，可以分析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，可以在軟件尋找最佳DNA /蛋白質(zhì)模型（ML），支持查看模式異質(zhì)性的視差指數(shù)檢驗(yàn)，支持打開估計(jì)替代矩陣（ML），支持估計(jì)轉(zhuǎn)換/轉(zhuǎn)換偏差（ML），支持計(jì)算MCL替換矩陣、計(jì)算MCL轉(zhuǎn)換/轉(zhuǎn)換偏差、計(jì)算模式差異指數(shù)、計(jì)算組成距離，具有的功能非常多，讓用戶在分析分子進(jìn)化遺傳數(shù)據(jù)的時(shí)候可以獲得更多幫助！

新版功能

　　版本7包含許多與MEGA6相比的增強(qiáng)功能。他們包括

　　針對(duì)64位處理器體系結(jié)構(gòu)的優(yōu)化源代碼。 MEGA現(xiàn)在可以使用許多GB的內(nèi)存（取決于可用的硬件資源和操作系統(tǒng)），而MEGA以前只能使用<4GB的RAM。 （注意*** MEGA7和未來的版本不會(huì)分發(fā)給32位架構(gòu)）。

　　添加了向?qū)较到y(tǒng)，用于識(shí)別樹中的基因復(fù)制事件。此外，如果提供物種樹，將使用Zmasek和Eddy（2001）的算法識(shí)別物種形成事件。

　　重新考慮樹資源管理器，以便可以顯示多達(dá)100k類群的樹。這取決于可用的內(nèi)存和圖形處理資源。

　　重新考慮Timetree系統(tǒng)，用于估計(jì)系統(tǒng)發(fā)育中所有分支點(diǎn)的相對(duì)和絕對(duì)發(fā)散時(shí)間（Tamura等人，2012），以使用更直觀的向?qū)浇缑妗?/p>

　　更新了Tree Explorer，以顯示推斷樹中所有內(nèi)部節(jié)點(diǎn)的數(shù)據(jù)覆蓋率。數(shù)據(jù)覆蓋值可用于識(shí)別樹中的有問題的節(jié)點(diǎn)，由于數(shù)據(jù)覆蓋不充分，其分支長度估計(jì)可能不可靠。

　　Timetree系統(tǒng)現(xiàn)在要求所有時(shí)間段都使用outgroup進(jìn)行植根。用戶界面已更新為兩種方法，用于指定outgroup（通過Tree Explorer或通過Taxa / Groups對(duì)話框）。

　　添加了其他圖像格式以導(dǎo)出樹圖像。

　　已刪除對(duì)ImageMagick的依賴。

　　Caption Expert系統(tǒng)已更新，因此可以將標(biāo)題停靠在Tree Explorer窗口中。

軟件特色

　　文本文件編輯器和格式轉(zhuǎn)換器

　　MEGA包含一個(gè)文本文件編輯器，可用于創(chuàng)建和編輯ASCII文本文件。如果輸入數(shù)據(jù)文件處理模塊檢測到數(shù)據(jù)文件格式的錯(cuò)誤，則由MEGA自動(dòng)調(diào)用。在這種情況下，您應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)?shù)母牟⒈４鏀?shù)據(jù)文件。

　　Alignment Explorer

　　Alignment Explorer提供以下選項(xiàng)：（1）查看和手動(dòng)編輯對(duì)齊;（2）使用內(nèi)置CLUSTALW實(shí)現(xiàn)和MUSCLE程序生成對(duì)齊（對(duì)于任何矩形區(qū)域中的完整序列或數(shù)據(jù)）。 Alignment Explorer還提供了用于探索基于Web的數(shù)據(jù)庫（例如，NCBI查詢和BLAST搜索）并將所需序列數(shù)據(jù)直接檢索到當(dāng)前對(duì)齊的工具。

　　關(guān)于MUSCLE

　　MUSCLE是用于產(chǎn)生氨基酸和核苷酸序列的多重比對(duì)的程序。 將MUSCLE的速度和準(zhǔn)確性與T-Coffee，MAFFT和CLUSTALW進(jìn)行比較，并在所有測試中達(dá)到最高或聯(lián)合最高等級(jí)。 如果在不進(jìn)行細(xì)化的情況下使用，其精度與T-Coffee或MAFFT相同，并且在調(diào)整三者中的大序列時(shí)最快。

　　關(guān)于CLUSTALW

　　ClustalW是廣泛使用的用于比對(duì)任何數(shù)量的同源核苷酸或蛋白質(zhì)序列的系統(tǒng)。對(duì)于多序列比對(duì)，ClustalW使用漸進(jìn)比對(duì)方法。在這些中，最相似的序列，即具有最佳比對(duì)分?jǐn)?shù)的序列首先對(duì)齊。然后逐漸更遠(yuǎn)的序列組對(duì)齊，直到獲得全局對(duì)齊。這種啟發(fā)式方法是必要的，因?yàn)檎业饺肿顑?yōu)解決方案在內(nèi)存和時(shí)間要求方面都是過高的。

安裝方法

　　1、下載MEGA7.0.26_win64_setup.exe軟件直接啟動(dòng)，點(diǎn)擊next

　　2、顯示軟件的安裝地址，這里的地址可以默認(rèn)

　　3、提示ico圖標(biāo)設(shè)置，可以勾選

　　4、提示格式關(guān)聯(lián)，默認(rèn)勾選界面顯示的格式，點(diǎn)擊下一步

　　5、顯示安裝準(zhǔn)備界面，點(diǎn)擊install就可以開始安裝

　　6、顯示安裝結(jié)束，點(diǎn)擊finish退出安裝

使用方法

　　1、MEGA 7的界面如圖所示，軟件是英文，可以在軟件查看當(dāng)前的功能

　　2、點(diǎn)擊打開功能，可以將本地的一些案例打開

　　3、這里是數(shù)據(jù)添加都是，可以將蛋白質(zhì)分析的ml文件打開

　　4、支持計(jì)算成對(duì)距離、計(jì)算總平均距離、在組平均距離內(nèi)計(jì)算、計(jì)算組平均距離、計(jì)算組平均距離之間的網(wǎng)絡(luò)

　　5、支持計(jì)算子群體內(nèi)的平均多樣性、計(jì)算整個(gè)人口的平均多樣性、計(jì)算平均人口群體多樣性、計(jì)算分化系數(shù)

　　6、支持構(gòu)造/測試最大似然樹、構(gòu)造/測試鄰居加入樹、ConstructTest最小進(jìn)化樹、構(gòu)建/測試UPGMA樹、構(gòu)造/測試最大簡約樹（s）

　　7、通過最大似然分析用戶樹、通過Parsimony分析用戶樹、用最小二乘法分析用戶樹、編輯/繪制樹（手動(dòng)）、顯示Newick樹

　　8、支持推斷祖先序列（ML）、推斷祖先序列（Parsimony）

　　9、估計(jì)每個(gè)密碼子（HyPhy）的選擇、基于密碼子的Z選擇測試、基于密碼子的Fisher精確選擇測試

　　10、估算場地比率（ML）的Gamma參數(shù)、估算逐個(gè)比率（ML）

　　11、田島的相對(duì)速率測試、測試分子鐘（ML）、計(jì)算時(shí)間樹（Reltime ML）

　　12、探索活動(dòng)數(shù)據(jù)、導(dǎo)出數(shù)據(jù)、將數(shù)據(jù)會(huì)話保存到文件、選擇遺傳密碼表、擇Genes and Domains、選擇Taxa和Groups。

使用說明

　　使用MEGA文本編輯器查看數(shù)據(jù)文件

　　在主MEGA菜單中，您可以打開任何文本文件進(jìn)行查看和/或編輯。在此示例中，我們將打開本機(jī)MEGA文本文件并探索其格式。此功能在MEGA中不常使用，但在文件損壞或需要手動(dòng)編輯時(shí)非常有用。如果您想盡快開始使用MEGA，可以跳過此示例。

　　例1.1：

　　要打開文本編輯器，請單擊“文件”|從主MEGA菜單編輯文本文件。

　　在打開的窗口中，選擇File |打開并使用文件瀏覽器導(dǎo)航到MEGA / Examples目錄。選擇“Drosophila_Adh.meg”文件將其打開。

　　檢查“Drosophila_Adh.meg”文件。請注意OTU（Operational Taxonomic Unit）名稱和交錯(cuò)序列數(shù)據(jù)。該文件采用MEGA格式，這是MEGA讀取用于分析的兩種格式之一。 MEGA接受分析的另一種格式是FASTA。

　　注意：

　　#mega指令指定文件的格式，即MEGA格式。

　　！Title指令指示文件的標(biāo)題，直到分號(hào)。

　　！Description指令指示文件的描述，直到下一個(gè)分號(hào)。

　　！Gene指令用于識(shí)別基因及其屬性，直到下一個(gè)分號(hào)。

　　＃指令用于指定序列數(shù)據(jù)。

　　在文本編輯器中，您可以對(duì)文件進(jìn)行更改，例如指定格式。嘗試編輯器中的菜單選項(xiàng)。

　　在繼續(xù)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析之前退出文本編輯器。選擇文件|從文本編輯器窗口退出編輯器主菜單選項(xiàng)。如果編輯器詢問您是否要保存對(duì)文件所做的更改，請單擊“否”。

　　打開（激活）用于分析的數(shù)據(jù)文件

　　您可以使用以下任一方法激活數(shù)據(jù)文件：

　　從主MEGA窗口的啟動(dòng)欄中，單擊Data |打開文件/會(huì)話

　　單擊文件|從MEGA窗口的主菜單中打開文件/會(huì)話。

　　從MEGA的主菜單中選擇分析或計(jì)算，然后系統(tǒng)將提示您打開數(shù)據(jù)文件。在繼續(xù)計(jì)算之前，您必須提供數(shù)據(jù)文件。

　　例1.2：

　　現(xiàn)在我們將使用第一種方法選擇要激活的文件。從主MEGA窗口中，選擇Data |從啟動(dòng)欄打開文件/會(huì)話。導(dǎo)航到Examples目錄（Mega7 / Examples）并打開“Drosophila_Adh.meg”文件。

　　在主MEGA啟動(dòng)欄下方，您會(huì)注意到MEGA主窗口中出現(xiàn)了兩個(gè)圖標(biāo); “TA”圖標(biāo)和“關(guān)閉數(shù)據(jù)”圖標(biāo)。單擊“TA”圖標(biāo)，您將能夠查看剛剛打開的數(shù)據(jù)。單擊“關(guān)閉數(shù)據(jù)”圖標(biāo)以關(guān)閉當(dāng)前打開的數(shù)據(jù)文件。

　　注意：您一次只能打開一個(gè)數(shù)據(jù)文件。您可以通過轉(zhuǎn)到Data |打開另一個(gè)數(shù)據(jù)文件打開文件/會(huì)話，您將看到一個(gè)警告，詢問您是否要關(guān)閉當(dāng)前文件以打開另一個(gè)文件，只需說“是”。每次選擇分析時(shí)，MEGA都會(huì)詢問您是否要使用當(dāng)前活動(dòng)的數(shù)據(jù)。如果單擊“是”，則下一個(gè)分析將使用您已打開的數(shù)據(jù)文件，單擊“否”將關(guān)閉當(dāng)前數(shù)據(jù)文件，并且將要求您提供新文件。

　　提示：您可以通過選中“記住使用當(dāng)前活動(dòng)數(shù)據(jù)文件”復(fù)選框來關(guān)閉此提示。然后MEGA將假設(shè)您要繼續(xù)使用該文件，直到您打開另一個(gè)文件或關(guān)閉MEGA。

　　查看序列數(shù)據(jù)

　　Sequence Data Explorer允許您直觀地瀏覽序列數(shù)據(jù)，并根據(jù)數(shù)據(jù)組成執(zhí)行各種統(tǒng)計(jì)分析。您可以使用以下任何方法激活“序列數(shù)據(jù)資源管理器”窗口：

　　單擊主MEGA窗口啟動(dòng)欄下方的“TA”圖標(biāo)。

　　按鍵盤上的F4鍵。

　　選擇數(shù)據(jù)|從主MEGA窗口的啟動(dòng)欄中瀏覽活動(dòng)數(shù)據(jù)。

　　注意：您必須已打開一個(gè)數(shù)據(jù)文件才能瀏覽活動(dòng)數(shù)據(jù)。

　　例1.3：

　　如示例1.2中所述重新打開果蠅文件。

　　選擇數(shù)據(jù)|從主MEGA窗口的啟動(dòng)欄中瀏覽活動(dòng)數(shù)據(jù)，序列數(shù)據(jù)將顯示在Sequence Data Explorer窗口中。保持此窗口打開以進(jìn)行下一個(gè)示例。

　　注意：如果將鼠標(biāo)懸停在工具欄上的圖標(biāo)上，每個(gè)圖標(biāo)都將顯示描述圖標(biāo)功能的文本。此窗口提供了多種選項(xiàng)，用于以各種格式保存顯示的數(shù)據(jù)，翻譯和突出顯示序列，設(shè)置站點(diǎn)覆蓋范圍以及用于在數(shù)據(jù)文件中查找信息的各種工具。

　　翻譯序列

　　使用序列數(shù)據(jù)資源管理器，您可以使用以下任何方法將蛋白質(zhì)編碼序列翻譯成氨基酸序列并返回：

　　選擇數(shù)據(jù)|從Sequence Data Explorer主窗口翻譯序列。

　　按鍵盤上的T鍵。

　　單擊Sequence Data Explorer啟動(dòng)欄上標(biāo)有UUC - > Phe的按鈕。

　　注意：T鍵是一個(gè)切換 - 它打開和關(guān)閉翻譯。您可以通過單擊Sequence Data Explorer主菜單選項(xiàng)Data來判斷數(shù)據(jù)是否已翻譯。如果數(shù)據(jù)已翻譯，則“翻譯序列”選項(xiàng)旁邊會(huì)有一個(gè)復(fù)選標(biāo)記。

　　例1.4：

　　在序列數(shù)據(jù)資源管理器（來自前一個(gè)示例）中仍然打開果蠅文件，按鍵盤上的T鍵將核苷酸序列翻譯成氨基酸序列。

　　翻譯序列后，通過選擇Statistics |來計(jì)算氨基酸組成Sequence Data Explorer窗口中的氨基酸組合主菜單命令。如果您沒有安裝Microsoft Excel，我們建議您選擇Statistics |以逗號(hào)分隔（CSV）或統(tǒng)計(jì)|顯示結(jié)果在運(yùn)行氨基酸組成報(bào)告之前，在文本編輯器中顯示結(jié)果以CSV或文本格式查看結(jié)果。如果你有Excel，MEGA將打開一個(gè)顯示氨基酸組成計(jì)算的Excel工作簿。除Mac外，在這種情況下您必須保存文件。

　　退出excel。

　　注意：如果您的計(jì)算機(jī)上未安裝Excel，并且仍選擇另存為Excel，系統(tǒng)將提示您將結(jié)果以excel格式保存在硬盤驅(qū)動(dòng)器上的某個(gè)位置。

　　導(dǎo)出序列數(shù)據(jù)

　　使用序列數(shù)據(jù)資源管理器，您可以使用以下格式保存數(shù)據(jù)：Mega，Nexus（PAUP 4.0），Nexus（PAUP 3.0 / MacClade），Phylip 3.0，Excel工作簿或CSV（Excel可導(dǎo)入）。

　　例1.5：

　　在Sequence Data Explorer啟動(dòng)欄上，單擊Export Data ebx_1406274670.gif圖標(biāo)。將出現(xiàn)窗口，導(dǎo)出序列數(shù)據(jù)。

　　在此窗口中，您可以設(shè)置數(shù)據(jù)的標(biāo)題和說明以及選擇格式。

　　注意：如果選擇除Excel以外的任何導(dǎo)出格式，則數(shù)據(jù)將在“文本文件編輯器和格式轉(zhuǎn)換器”窗口中打開，如果要保存導(dǎo)出的文本，請轉(zhuǎn)到“文件”|“文件”。另存為。如果選擇Excel選項(xiàng)并在計(jì)算機(jī)上安裝了Excel，則數(shù)據(jù)將顯示在新的Excel工作簿中。如果選擇Excel并且計(jì)算機(jī)上未安裝Excel，則將創(chuàng)建一個(gè)Excel文件，系統(tǒng)將提示您輸入要保存的位置。選擇除Excel之外的任何選項(xiàng)。

　　保存會(huì)話

　　MEGA包含一個(gè)用于保存數(shù)據(jù)會(huì)話的功能，允許您將翻譯狀態(tài)，突出顯示，字體更改，分類群，基因和域以及/或與當(dāng)前文件關(guān)聯(lián)的其他更改保存到單個(gè)會(huì)話文件中。如果稍后打開保存的會(huì)話，將自動(dòng)恢復(fù)數(shù)據(jù)和所有相關(guān)設(shè)置。

　　例1.6：

　　從Sequence Data Explorer主菜單中，選擇Data |保存會(huì)議。將打開一個(gè)“另存為”對(duì)話框，允許您將會(huì)話保存在所選位置的“.mdsx”文件中。任何翻譯，突出顯示，字體更改等都將保存在生成​​的會(huì)話中。將文件另存為“Drosophila_Adh.mdsx”。

　　單擊MEGA主窗口中的“關(guān)閉數(shù)據(jù)”圖標(biāo)，關(guān)閉“序列數(shù)據(jù)資源管理器”窗口和數(shù)據(jù)文件。

　　選擇Data |重新打開會(huì)話從主MEGA窗口的啟動(dòng)欄打開文件/會(huì)話...并選擇“Drosophila_Adh.mdsx”文件。對(duì)數(shù)據(jù)所做的任何更改都將保留。

　　關(guān)閉Sequence Data Explorer窗口和Drosophila文件。

　　查看距離數(shù)據(jù)

　　MEGA允許您以MEGA的原生“.meg”格式保存距離數(shù)據(jù)，然后使用距離數(shù)據(jù)資源管理器探索數(shù)據(jù)。

　　例1.7：

　　從MEGA主窗口的啟動(dòng)欄中選擇Data |打開文件/會(huì)話...

　　在“打開文件”窗口中，找到名為“Distance Data.meg”的數(shù)據(jù)文件，然后單擊“打開”按鈕以激活數(shù)據(jù)文件。此文件位于MEGA / Examples目錄中。

　　在主MEGA窗口中，選擇Data |探索活動(dòng)數(shù)據(jù)。所選數(shù)據(jù)文件的內(nèi)容將顯示在“距離數(shù)據(jù)資源管理器”窗口中。

　　在最左邊的列中，您將看到列出的分類單元的名稱。您可以通過拖動(dòng)右邊緣的垂直條來調(diào)整此列的大小。距離顯示在右側(cè)的列中。

　　您可以通過單擊標(biāo)記為0.0（減小十進(jìn)制）和0.00（增加十進(jìn)制）的工具欄圖標(biāo)來更改距離中顯示的小數(shù)位數(shù)。

　　導(dǎo)出距離數(shù)據(jù)

　　在整個(gè)MEGA中，您將找到查看窗口，每個(gè)窗口都有自己的工具欄圖標(biāo)集。在適當(dāng)?shù)那闆r下，您將看到一組“導(dǎo)出”圖標(biāo)。顯示的圖標(biāo)集取決于您使用的查看器和當(dāng)前分析。在距離數(shù)據(jù)資源管理器中，可用的導(dǎo)出格式和相關(guān)圖標(biāo)為：XL，CSV，MEGA和TXT。

　　例1.8：

　　單擊標(biāo)有CSV的圖標(biāo)。將出現(xiàn)Distance Write-out Options窗口。由于您單擊了CSV圖標(biāo)，因此輸出格式將自動(dòng)設(shè)置為“CSV：逗號(hào)分隔文件”。

　　單擊“打印/保存矩陣”按鈕。將在文本文件編輯器和文件格式轉(zhuǎn)換器中打開一個(gè)新的CSV文件，顯示您的數(shù)據(jù)。新文件將自動(dòng)獲得名稱并保存到您的計(jì)算機(jī)臨時(shí)文件夾中。使用文件|文本編輯器中的“另存為”菜單選項(xiàng)為文件指定了不同的名稱，并為其指定目標(biāo)文件夾。

　　計(jì)算平均距離

　　在Distance Data Explorer任務(wù)欄上，您將找到Average菜單。從這里，您可以通過多種方式計(jì)算序列之間的平均成對(duì)距離：總體，在組內(nèi)，組之間和組之間的網(wǎng)絡(luò)。當(dāng)然，為了根據(jù)組計(jì)算，必須為您的數(shù)據(jù)定義組。有關(guān)定義組的更多信息，請參閱標(biāo)記為“使用組管理分類”的教程。

　　例1.9：

　　選擇平均值|整體來自Distance Data Explorer主菜單。將顯示一個(gè)對(duì)話框，顯示所有選定序列中計(jì)算的總體平均成對(duì)距離。

　　選擇File |，關(guān)閉Distance Data Explorer窗口退出查看器主菜單選項(xiàng)。

　　注意：如果您希望繼續(xù)學(xué)習(xí)本教程，請打開MEGA。如果沒有，請通過選擇File |來關(guān)閉MEGA從主MEGA窗口退出MEGA菜單命令。

　　注意：如果您關(guān)閉MEGA然后重新打開它，MEGA將記住您之前用于分析的設(shè)置（引導(dǎo)程序，模型等）。如果您最后使用的設(shè)置不適用于您當(dāng)前正在執(zhí)行的分析，MEGA將為您選擇第一個(gè)適用的選項(xiàng)。 MEGA嘗試盡可能多地重復(fù)使用設(shè)置，以節(jié)省時(shí)間和精力。