Arlequin是國外開發(fā)的遺傳學分析軟件，軟件全部都是英文，如果你會英文就可以下載這款軟件執(zhí)行分析，這里小編推薦的是Arlequin3.5.2.2版本，與版本3.5.1.3相比，此版本僅引入了一些更改，能夠分析編碼為SNP的DNA序列數(shù)據(jù)（即0,1,2,3而不是C，A，T，G）， 可以使用64位版本的arlecore進行計算（更快，可能更大的數(shù)據(jù)集），更有效更快地讀取長DNA序列，Arlequin現(xiàn)在可以讀取多達100萬個字符的行，刪除了xml文件中的非法字符，如果你需要使用這款軟件就下載吧！

軟件功能

　　等位基因頻率數(shù)據(jù)

　　原始數(shù)據(jù)僅由等位基因頻率組成（僅限單基因座處理），因此這些數(shù)據(jù)不需要單元型信息。 然后僅比較群體樣本的等位基因頻率。

　　標準數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)

　　多態(tài)性的分子基礎(chǔ)沒有特別限定，或者當不同的等位基因被認為是彼此突變等距時。 因此比較標準數(shù)據(jù)單倍型在每個基因座處的含量，而不特別關(guān)注等位基因的性質(zhì)，其可以是相似的或不同的。 例如，HLA數(shù)據(jù)（人類MHC）進入標準數(shù)據(jù)類別

　　RFLP數(shù)據(jù)

　　Arlequin可以處理任意長度的RFLP單倍型。每個限制性位點被認為是不同的基因座。限制性位點的存在應(yīng)編碼為“1”，其缺失為“0”。 “ - ”字符應(yīng)該用于表示網(wǎng)站的刪除，而不是由于點突變而導致的缺失。

　　微衛(wèi)星數(shù)據(jù)

　　原始數(shù)據(jù)在此包括一個或任意數(shù)量的微衛(wèi)星基因座的等位基因狀態(tài)。對于每個基因座，如果想要根據(jù)逐步突變模型（用于遺傳結(jié)構(gòu)分析）分析其數(shù)據(jù)，則應(yīng)提供微衛(wèi)星基序的重復(fù)數(shù)作為等位基因定義?？赡馨l(fā)生重復(fù)的絕對數(shù)量未知。如果擴增產(chǎn)物之間的長度差異是重復(fù)數(shù)目變化的直接后果，那么擴增產(chǎn)物的最小長度可以作為參考，允許與該參考相比，在額外重復(fù)方面編碼其他等位基因。如果這種策略是不可能的，那么任何其他數(shù)字都可以用作等位基因代碼，但不能假設(shè)這些數(shù)據(jù)的逐步變異模型。

軟件特色

　　標準指數(shù)

　　一些多樣性測量，如多態(tài)性位點的數(shù)量，基因多樣性。

　　分子多樣性

　　計算幾個多樣性指數(shù)，如核苷酸多樣性，群體參數(shù)θ的不同估計量。

　　不匹配分布

　　單倍型之間成對差異數(shù)量的分布，可以估計人口統(tǒng)計學（新）或空間人口擴張的參數(shù)

　　單倍型頻率估計

　　通過最大似然法估計群體中存在的單倍型的頻率。

　　配子相位估計（新）

　　估計最喜歡的游戲階段

　　使用偽貝葉斯方法（ELB算法）的多基因座基因型。

　　連鎖不平衡

　　在不同位點測試等位基因的非隨機關(guān)聯(lián)

　　Hardy-Weinberg均衡

　　二倍體個體內(nèi)等位基因非隨機關(guān)聯(lián)的檢驗。 田島的中立性測試（無限站點模型）

　　在無限位點模型下測試DNA序列或RFLP單倍型的隨機樣品的選擇性中性。

　　Fu的FS中立性測試（無限站點模型）

　　在無限位點模型下測試DNA序列或RFLP單倍型的隨機樣品的選擇性中性。

使用說明

　　Arlequin配置

　　在首次使用Arlequin之前，您需要指定Arlequin將使用哪個文本編輯器來編輯項目文件或查看日志文件。

　　此選項卡面板上的控件允許您指定應(yīng)構(gòu)建的項目大綱的類型。 使用“瀏覽”按鈕為項目選擇名稱和硬盤位置。 選擇所有設(shè)置后，按“創(chuàng)建項目”按鈕即可創(chuàng)建項目大綱。 請注意，它不會自動加載到Arlequin中。 數(shù)據(jù)文件的名稱應(yīng)該具有“* .arp”擴展名（對于ARlequin項目）。 然后，您可以按“編輯項目”按鈕編輯項目

　　新的遺傳結(jié)構(gòu)編輯器已在3.01版本中實現(xiàn)。 在左側(cè)窗格中，在打開的項目中找到的所有人口樣本都列在右側(cè)列中，左側(cè)列中有相應(yīng)的組標識符。 如果未定義遺傳結(jié)構(gòu)，則將列出“0”標識符。 在右側(cè)窗格中，顯示結(jié)果結(jié)構(gòu)。

　　將項目文件加載到Arlequin中

　　構(gòu)建項目文件后，必須將其加載到Arlequin中。 您可以通過激活菜單File |來執(zhí)行此操作 通過單擊工具欄上的“打開項目”按鈕或激活“文件”，打開項目 最近的項目...菜單。 應(yīng)打開一個對話框，以允許選擇要處理的現(xiàn)有項目，例如

　　Arlequin項目文件必須具有* .arp擴展名。 如果項目文件有效，則其主要屬性將顯示在“項目”選項卡中，如下所示：

　　選擇要對數(shù)據(jù)執(zhí)行的分析

　　可以選擇不同的分析，并在“設(shè)置”選項卡中調(diào)整其參數(shù)。

　　您可以在左側(cè)的樹中導航，以選擇您設(shè)置的不同類型的計算。 根據(jù)您的選擇，選項卡對話框的右側(cè)部分將顯示要設(shè)置的不同參數(shù)

　　執(zhí)行分析

　　可以通過單擊“開始”按鈕執(zhí)行選定的分析。

　　如果在執(zhí)行期間發(fā)生錯誤，Arlequin將在日志文件中寫入診斷信息。 如果錯誤不是太嚴重，Arlequin將打開Web瀏覽器，您可以在其中查閱日志文件。 如果出現(xiàn)內(nèi)存錯誤，Arlequin將自行關(guān)閉。 在后一種情況下，您應(yīng)該在啟動新分析之前查閱Arlequin日志文件，以獲取有關(guān)問題發(fā)生的執(zhí)行位置或執(zhí)行階段的一些信息。 為此，只需重新打開上一個項目，然后按上面工具欄上的“查看日志文件”按鈕。 在任何情況下，文件Arlequin_log.txt都位于項目結(jié)果目錄中。

　　中斷計算

　　可以通過按工具欄上的“暫停”或“停止”按鈕隨時停止計算。

　　按下“暫停”按鈕后，按“恢復(fù)”按鈕可以恢復(fù)計算。

　　自動創(chuàng)建項目文件的大綱

　　為了幫助您快速設(shè)置項目文件，Arlequin可以為您創(chuàng)建項目文件的大綱。 為此，請使用“項目”向?qū)нx項卡。

　　轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)文件

　　選擇“導入數(shù)據(jù)”選項卡將打開一個選項卡，用于將數(shù)據(jù)文件從一種格式轉(zhuǎn)換為另一種格式。 這對于已經(jīng)為其他數(shù)據(jù)軟件包設(shè)置數(shù)據(jù)文件的用戶可能很有用。 也可以將Arlequin數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換為其他格式。 目前公認的數(shù)據(jù)格式是：

　　?Arlequin

　　?GenePop ver。3.0，

　　?Biosys ver.1.0，

　　?Phylip ver。3.5

　　?Mega ver。1.0

　　Arlequin批處理文件

　　批處理文件（擴展名為.arb）只是一個文本文件，每行都有一個應(yīng)由Arlequin分析的項目文件的名稱。 要分析的數(shù)據(jù)文件的數(shù)量可以是任意大的。 如果您打開的項目類型是批處理文件類型，則批處理文件選項卡面板會自動打開，并允許您調(diào)整批處理運行的設(shè)置。

　　新項目...提示項目向?qū)υ捒虼蜷_項目...

　　打開一個對話框以查找現(xiàn)有項目關(guān)閉項目關(guān)閉當前項目。 最近的項目...

　　打開最近10個最近打開的項目的子菜單加載設(shè)置...

　　加載以前保存的計算設(shè)置保存設(shè)置保存當前計算設(shè)置將設(shè)置保存為...

　　將當前計算設(shè)置保存在特定名稱下退出退出Arlequin并關(guān)閉當前 項目

　　使用64位外部arlecore程序進行計算

　　如果希望Arlequin使用程序arlecore64.exe來執(zhí)行所選選項的計算，而不是WinArl35本身，請檢查此菜單項。 優(yōu)點是arlecore64.exe是一個64位程序，可以處理更大的數(shù)據(jù)集，并且比WinArl35.exe更優(yōu)化，因此計算速度更快

更新日志

　　版本3.5.2.2 （02.08.2015）

　　與版本3.5.2.1相比，此版本添加了一個新功能并更正了一些錯誤：

　　直接從DNA序列數(shù)據(jù)計算位點頻譜，但僅基于次要等位基因頻譜的SFS計算

　　錯誤更正：

　　無法打開批處理（.arb）文件

　　當（假設(shè)祖先等位基因0）在一個站點不存在時，SFS計算不良

　　由arlequin和fastsimcoal2生產(chǎn)的不同SFS（主要用于基于MAF的SFS）

　　如果文件名超過255個字符，則會出錯

　　在arlequin日志文件中沒有提到SFS計算