Schrodinger Suites是一款非常好用的醫(yī)藥藥物設計軟件，Schrodinger（薛定諤）是藥物發(fā)現(xiàn)的完整軟件包，包括：基于受體和配體結構的誘導契合和柔性對接模式；基于受體結構及配體極性的對接模式；基于受體結構及溶液環(huán)境性質的對接模式；組合化學庫設計及基于組合庫的對接模式等，隨著我國經(jīng)濟的高速發(fā)展，信息技術的不斷提高與普及，藥品的流通越來越多樣化和快速化。目前藥品管理系統(tǒng)的應用已成為醫(yī)院管理的重要工具和手段，它的引入有助于改變傳統(tǒng)的工作方式；提高工作效率；加強過程控制。從而提高藥品的管理質量，增強醫(yī)院的競爭能力，這款軟件簡單實用，有需要的用戶，趕快下載試試吧！

Schrodinger介紹

　　Schrodinger（薛定諤）是藥物發(fā)現(xiàn)的完整軟件包，包括：基于受體和配體結構的誘導契合和柔性對接模式；基于受體結構及配體極性的對接模式；基于受體結構及溶液環(huán)境性質的對接模式；組合化學庫設計及基于組合庫的對接模式；基于配體結構的藥物設計，藥效團和3D-QSAR；生物分子結構模擬，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶點的藥物設計；ADME性質預測。

Schrodinger解決方案

　?。ㄒ唬└咄刻摂M篩選：薛定諤軟件的虛擬篩選功能在35個CPU的集群上每天可以篩選150萬個化合物。提供一站式的設置界面，用戶可以定義特定的性質，以便過濾掉不滿足性質的化合物；所需模塊：Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap, Liaision；

　　（二）精確對接：針對虛擬篩選后的富集化合物庫或者用戶自己特定的化合物庫，利用薛定諤軟件提供的精確對接模式可以考慮以下兩種真實環(huán)境，得到的精確度結果可以和實驗的結果相匹配：（1）配體小分子對蛋白活性位點結構的誘導(Induced Fit)；所需模塊：Glide, Prime, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, LigPrep, QikProp；（2）蛋白分子誘導配體分子電荷的極化(QPLD)，所需模塊：Glide, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, Qsite, Ligprep, Jaguar, QikProp；

　?。ㄈ┧幮F和3D-QSAR：薛定諤提供的藥效團和3D-QSAR的解決方案，在沒有受體信息的情況下，科研人員可以用活性配體的信息進行新藥設計；所需模塊：Phase, Confgen, Ligprep, MacroModel, Strike；

　　（四）全新藥物設計（de novo design）：薛定諤軟件提供的me-too和me-better藥物設計解決方案，允許用戶替換已知化合物的側鏈或者母核；所需模塊：CombiGlide, Glide, Ligprep, Qikprop；

　?。ㄎ澹┟复呋饘倜秆芯浚≦M/MM方法）：薛定諤軟件提供的QM/MM方法可以考慮蛋白活性位點的化學反應。所需模塊：Qsite, Jaguar；

　　（六）生物分子結構模擬：可以精確模建蛋白、核酸、多糖結構；所需模塊Prime, MacroModel；

　?。ㄆ撸〢DME性質預測：應用于藥理方面的研究；所需模塊：QikProp；

　?。ò耍┗瘜W信息學：薛定諤軟件的化學信息學解決方法提供以下專業(yè)算法：二元指紋向量聚類分析；相似性分析；層次聚類方法；化學過濾方法；多樣性分析；sphere exclusion diversity;字結構搜索；獨特的SMILES產(chǎn)生法；多元線性回歸；偏最小二乘回歸；主成份分析；主成份回歸分析；神經(jīng)網(wǎng)絡算法；樸素貝葉斯分析算法；自組織特征映射法；所需模塊：Canvas；

Schrodinger模塊簡介

　　Glide：精確的配體和受體的對接（docking）工具。Glide提供SP（標準精度）和XP（額外精度）兩種方式為藥物發(fā)現(xiàn)提供了速度和精度，在SP（標準精度）高精度的對接幾十萬個配體基礎上， XP（額外精度）模式可以對SP的對接結果做進一步檢驗，以減少假陽性。GlideScore充分考慮親脂性，氫鍵，金屬配位體的貢獻，也考慮不合適的鍵的旋轉和原子的空間排斥，可以有效的減少假陽性和提高富集率。另外含有的SP-QPLD和XP-QPLD打分可以考慮配體在受體內的極性取向。Glide 和Prime模塊聯(lián)用可以實現(xiàn)Induced Fit功能。

　　Maestro：是Schrödinger軟件的統(tǒng)一界面，超強的圖像顯示功能使研究人員能清楚的觀察最復雜的研究體系。

　　Prime: 精確的蛋白結構預測軟件包。Prime可以模建出高精度的受體模型，保證藥物研發(fā)后期的成功。Prime可精確模建Loop區(qū)。包含同源模建和threading兩種方法。

　　Liaison：精確的配體-受體結合能計算程序，Liaison預測結合能在~1 kcal/mol的實驗值，可以應用到配體自由度比較大的情況。

　　SiteMap: 精確的蛋白活性位點認證工具。 包含兩部分功能：活性位點定位；分析活性位點的化學特征。

　　CombiGlide：設計針對一個靶標或者一類靶標的富集組合庫，并利用靶標結構基于組合庫虛擬篩選程序。通過特定的設定過濾化合物，例如ADME預測。并可實現(xiàn)De novo design。

　　Epik：快速和精確的預測pKa。Epik能夠得到pKa值和3D結構文件，包括多種互變異構體和在特殊條件下可能存在的離子狀態(tài)，在水和DSMO的溶液中，也能精確的計算出pKa值?？梢杂行岣吆Y選的準確性。

　　MacroModel: 基于力場模建的黃金標準?？商幚眢w系包括有機化合物、糖、核酸、小肽、蛋白等。在研究蛋白-配體的復合物，允許活性位點充分的柔性，而其他的地方剛性。Qsite：高性能的QM/MM計算程序。Qsite將量子力學計算應用到蛋白的活性位點的活性中心，對于剩余的蛋白體系應用分子動力學，是先導優(yōu)化的強有力的工具。可應用在涉及到電子轉移的酶的催化反應及蛋白活性中心含金屬的體系。

　　Phase: 最精確的藥效團模建的完整工具包。Phase可以基于配體設置排斥球，假設某些區(qū)域被蛋白質所占據(jù)，這樣就把空間形狀不符合的配體篩掉。可以根據(jù)配體-受體復合物結構中配體的晶體結構生成藥效團搜索數(shù)據(jù)庫。具有強大的數(shù)據(jù)管理功能，Phase允許用戶生成和存儲多構象的數(shù)據(jù)庫，以便在工作中隨時用來篩選。包含的ConfGen技術對配體分子進行考察，包括鍵的旋轉，和計算各個構象的能量，以保留合理的構象。

　　Strike: 做統(tǒng)計模型和QSAR的工具。 Strike是做結構-活性關系模型的工具, Strike能使用這個模型快速的預測化合物活性或者預測大的虛擬庫的像藥性。

　　QikProp：快速精確的ADME的預測工具。由耶魯大學的Bill Jorgensen教授實驗室設計。可以對整個分子的3D結構預測，預測性質包括：辛醇/水和水/氣體的log Ps, log S, log BB；整個CNS活性；Caco-2和MDCK細胞滲透性；血清白蛋白結合活性log Khsa；HERG 的K離子通道阻斷性log IC50。

　　LigPrep：精確的2D到3D結構的轉換的工具。有效精確的2D到3D的轉換是成功藥物設計的第一步，LigPrep可從單一結構產(chǎn)生的化學和結構上的多樣構象。 LigPrep可以為Glide，Qikprop，和Phase產(chǎn)生輸入文件。為了符合模擬程序的需要, LigPrep提供的特殊設定可優(yōu)化輸出結構。

　　PrimeX：蛋白質X-ray晶體結構精修。包括正確放置配體，Loop區(qū)構建以及模擬退火功能。

　　Jaguar: 快速的第一原理電子結構計算軟件包, 可以將量子化學的精確性引入生命科學研究。

　　Schrodinger分為windows和Linux版，方便各種平臺的用戶使用。

基本簡介

　　小分子藥物研發(fā)套件，從QSAR到虛擬篩選，再結合親合力的預測，是綜合的小分子藥物工具。Schrodinger Suites包含所有用于fragment-, ligand-, 以及基于結構的藥物設計的先導物發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化的所有工具。Biologics Suits，這一新的易于使用的套件是從底層向上設計，是第一個完整的所有的工具集合（在建模生物制劑、抗體和蛋白質尤其重要）　Discovery Informatics Suite，協(xié)同藥物設計的新一代平臺允許多學科團隊（包括藥物學家、生物學家和IT專業(yè)人員等）共享、查看和實時管理數(shù)據(jù)。PyMOL，PyMOL的是一個開源的基礎用戶發(fā)起的分子可視化系統(tǒng)Schrdinger提供致力于解決藥物研究中挑戰(zhàn)的完整軟件套裝。對于以結構為基礎的藥物設計，Prime是一款精確蛋白質結構預測軟件包；Glide執(zhí)行準確，迅速的配體-受體對接；Liaison預測結合與親和力；QSite用來研究蛋白質活性區(qū)域內的反應機制；Schrdinger還提供Phase用于作基于配體的藥效建模，QikProp用于候選藥物的ADME性狀預測。另外，LigPrep是一款用于深度計算機分析配體庫準備的快速2D至3D轉換程序。最近，Schrdinger還引入CombiGlide用于焦點庫設計，引入Epik對生物環(huán)境中的配體質子化狀態(tài)做精確枚舉。 此外，Schrdinger還提供利用計算化學最新技術的產(chǎn)品。Jaguar，高性能初始量子力學組件，MacroModel，分子模擬領域最受信賴的名字，已經(jīng)廣泛地應用于從材料到生命科學等全面的化學研究中。Strike是一款用于檢查組織性能關系的化學方法統(tǒng)計程序包。 Maestro是所有Schr?dinger計算機程序的用戶接口，提供提供強大、充分集成的分子的顯現(xiàn)和分析環(huán)境。